恵庭福音キリスト教会は1989年より、千歳福音キリスト教会の恵庭伝道所として、 OMF(国際宣教会)宣教師の協力により、恵庭での宣教活動が開始されました。

宣教師の時代が１０年、それに続く日本人牧師による時代が１０年、 2009年でちょうど教会創立２０周年を迎えております。宣教師、日本人牧師双方とも、 聖書のメッセージ・福音をお伝えするのが本来の使命ですが、 宣教師の時代（最初の１０年間）は、語学、文化、料理などが恵庭の方々との出会いの場として用いられ、 日本人牧師の時代（後半の１０年間）は、教会に集う信徒一人一人の賜物（神様から与えられている能力)が 用いられることにより、子育て、ゴスペル、料理などが媒体となって、 恵庭の方々に救い主イエス・キリストとの出会いの機会となってきました。

宣教師は１年から３年のスパンで 定期的な異動がありましたが、日本人牧師はそれより長い期間で宣教の働きに従事しておりますので、 牧師と信徒、また信徒間の交わりの中で、心が休まる教会として共に歩んでおります。